Titulaire d’une maîtrise de droit public et diplômée de l’École nationale de santé publique en 1985 (ENSP, actuelle EHESP), Chantal Carroger a débuté sa carrière en 1986 au centre hospitalier de Thiers, dans le Puy-de-Dôme, comme directrice adjointe chargée des ressources humaines, jusqu’en août 1993.

Elle occupe ensuite la fonction de directrice adjointe chargée de l’élaboration du projet d’établissement, du système d’information et de la communication au centre hospitalier d’Aurillac avant d’être nommée en janvier 1996 chef d’établissement du centre hospitalier de Decize, dans la Nièvre.

Elle prend ensuite en charge la direction du centre hospitalier de Tulle, en Corrèze, de janvier 2003 à décembre 2004, avant de rejoindre le CHRU de Reims en tant que directrice générale adjointe pendant quatre ans.

De janvier 2009 à novembre 2011, elle poursuit sa carrière au centre hospitalier de Rodez en qualité de chef d’établissement, puis elle est nommée directrice générale adjointe du CHU de Nice, où elle exerce jusqu’en septembre 2015. Le 1er octobre 2015, Chantal Carroger est nommée directrice générale du CHRU de Besançon. 

Elle anime depuis 2017 la commission des affaires juridiques au sein de la Conférence des directeurs généraux de CHU.