À sa sortie de l’École nationale de la santé publique (devenue École des hautes études en santé publique) en 1991, Nicolas Best débute sa carrière au CHU de Caen, où il occupe les fonctions de directeur adjoint, responsable du service de l’équipement et des fonctions logistiques à la direction des services économiques et de l’équipement.

En septembre 1992, il obtient sa promotion à la direction générale des Hospices civils de Lyon sur des missions transversales. Dans ce cadre, il crée et devient le premier responsable de la délégation régionale à la recherche clinique et aux affaires internationales du CHU rhônalpin. En 1998, nommé directeur adjoint, responsable du département de la stratégie et des projets médicaux, il conçoit le projet d’établissement d’organisation tripolaire de toutes les activités de court séjour du deuxième groupe hospitalier français, projet d’établissement qui donnera lieu à la réalisation d’importants investissements sur les pôles MCO. En septembre 2000, il est promu à l’AP-HP, où il occupe les fonctions de directeur hors classe du département de la recherche clinique et du développement. Il y restructure un dispositif de soutien méthodologique et biostatistique en créant un réseau de onze unités de recherche clinique. Le 1er février 2008, il exerce les fonctions de directeur général adjoint au centre hospitalier universitaire de Nîmes avant d’être nommé directeur général par intérim en mars 2014.

En janvier 2015, il prend la direction du centre hospitalier d’Annecy-Genevois et du centre hospitalier du Pays de Gex avant de revenir à Nîmes le 1er décembre 2018 pour y assurer les fonctions de directeur général du CHU. Dès son arrivée, il impulse un nouvel élan qui concerne toutes les strates de la gestion hospitalière (finances, ressources humaines, programmes immobiliers, achats, logistiques, stratégie…). Il réinstaure le modèle de gouvernance médico-administrative original du CHU de Nîmes lié à la démarche projets (projets médicaux concertés de développement d’activité) et redynamise son activité. Le CHU de Nîmes, établissement support du GHT Cévennes-Gard-Camargue, intègre près de 7 000 collaborateurs médicaux et non médicaux ; il est doté d’un budget de fonctionnement de plus de 500 millions d’euros.

Dans le cadre d’un nouveau schéma urbanistique hospitalier, Nicolas Best relance certains projets immobiliers de grande envergure pour le CHU de Nîmes : création du centre de chirurgie ambulatoire ; reconstruction du pavillon de médecine gériatrique/SSR-SMIT ; programmation de la construction d’un nouveau bâtiment de médecine, de l’extension de l’institut de cancérologie ; refonte des dessertes logistiques et de stationnement, etc.

Nicolas Best est par ailleurs président de la commission des ingénieries et des architectures hospitalières de la Conférence des directeurs généraux de CHRU de France.

Nicolas Best est chevalier de l’ordre national de la Légion d’honneur, de l’ordre national du Mérite et médaillé de la Défense nationale – Agrafe Santé.